学校现有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、法医学院、药学院、人文社会科学学院、护理学院、研究生学院、继续教育学院、职业技术学院12个二级学院；晋祠学院1所独立学院；口腔医学系、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、信息管理系、外语系、体育教学部、计算机教学部8个直属系部；山西医科大学第一医院、山西医科大学第二医院、山西医科大学第三医院、山西医科大学口腔医院、山西省汾阳医院、晋中市第一人民医院、运城市中心医院、阳泉市第一人民医院、大同市第三人民医院、太原市中心医院10所附属医院，115个其它教学基地。