红河学院以学科建设为龙头，促进学校核心内涵水平提升。2006年，“有机化学”被批准为云南省二类重点学科；2007年“天然药物与化学生物学实验室”被批准为云南省重点实验室培育基地。

学校目前立项有“民族学”、“材料物理与化学”、“生物化学与分子生物学”、“应用数学”、“史学理论与史学史”、“马克思主义中国化研究”、“计算机应用技术”、“控制理论与控制工程”、“课程与教学论”、“教育技术学”、“国际贸易学”、“理论物理”和“语言学和应用语言学”等13个重点建设学科，