2018年昆山杜克大学首批开设的8个本科专业均由杜克教授委员会历时两年多精心设计，包括：
l 材料科学与工程
l 国际事务与国际关系
l 化学
l 环境科学
l 历史学
l 全球健康学
l 生物科学
l 数学与应用数学
除了上述专业，昆山杜克大学正在积极筹划更多本科专业，其中包括融合了历史学，哲学，文学，艺术的人文专业，以及融合了经济学，社会学，人类学和心理学的社会科学专业。首届本科生在大二选择专业时，将可以从近20个专业中进行选择。目前，已经申报中国教育部审批的新增专业包括：
经济学 (机构和治理与国际政治经济学)
社会学 （文化与社会)
世界史（美国研究)
哲学(伦理与领导力）
数字媒体艺术(媒体与艺术)
英语(全球文化研究）

昆山杜克本科教育允许学生先广泛参加课程后再逐步确定自己的专业。学生完全不必担心高考时考不进理想的专业，大二结束时可根据自己的兴趣灵活选择最感兴趣并最适合自己的专业。这将会为学生提供一个更具活力、更符合其个性需求和兴趣爱好的四年学习计划，而这种计划更适合21世纪学生技能培育、兴趣拓展和职业目标实现的需求。 此外，学生将有充分的机会把自己课堂上所学的内容用到实践中去。学校安排星期一到星期四上课，而星期五则安排参与社区活动，实地考察，提供社会服务和实习。